Paul III cũng nhận thấy cần một cuộc cải cách toàn diện do Tòa thánh đứng đầu, mà phương tiện hữu hiệu là đại công đồng.

Cải tổ tòa thánh

Ông tiến hành cải tổ Tòa thánh trước hết. Ông thiết lập hai thánh bộ: Bộ giáo sĩ, đặc trách hàng giáo sĩ Roma và Bộ thanh tra hành chính trong nước Roma, đặt dưới quyền những vị hồng y xứng đáng.

Ông lập một ủy ban cải tổ theo tinh thần Erasme gồm nhiều hồng y danh tiếng như Contarini, Sadolet, Reginald Pole... Nhiều ủy ban cải cách được thành lập để nghiên cứu các giải pháp. Trong khi đó, ông vẫn không quên cổ vũ việc cải tổ các dòng tu. Năm 1542, ông thiết lập Bộ thánh vụ và công bố bản Mục lục sách cấm (Index librorum prohibitorum) để khai trừ những người theo lạc thuyết và những sách báo nguy hại.

Triệu tập công đồng không thành

Việc triệu tập công đồng vẫn chưa thực hiện được.

Bên trong, một số người bị đe dọa bị mất bổng lộc, hoặc không muốn bỏ nếp sống cũ, tìm cách phá rối. Các cố vấn tại giáo triều cũng trình bày những khó khăn về tài chính, nên Tòa thánh phải hy sinh sinh những đặc quyền vè bổng lộc ở nhiều nơi. Bên ngoài, Giáo hoàng Paul III phải đối mặt với những khó khăn do các giáo phái và chính quyền gây ra.

Về phía Tin lành, khi họ được mời đến tham dự công đồng, họ đòi các mục sự của họ ngang hàng với các giám mục trong việc phát biểu và biểu quyết. Họ còn đặt điều kiện: trong khi tranh luận không được nại đến thánh truyền mà chỉ biết có thánh kinh. Ở Anh, Henry VIII đã tách khỏi khỏi Giáo hội.

Những cuộc đấu tranh giữa một bên là Charles Quint và một bên là vua Pháp cùng những người Tin Lành Đức đồng minh với ông (liên minh Smalkalde) đã trì hoãn ngày khai mạc và khiến cho ba lần tuyên bố triệu tập công đồng mà không thành.

Năm 1536, sau khi cử hồng y Verger sang Đức làm sứ thần, thăm dò hoàng đế Carlos và hàng giáo phẩm, Giáo hoàng Paul III tuyên bố triệu tập công đồng tại Mantua vào tháng 5 năm 1537. Vua Francois I vừa mới bắt tay với các ông hoàng Tin lành nên tỏ ra lãnh đạm. Charles thì bất mãn vì Mantua là địa điểm ngoài nước Đức, ông không thể gây ảnh hưởng. Ông đẹ dọa công tước ở Mantua khiến ông này tuyên bố không bảo đảm an ninh cho các nghị phụ. Paul III tuyên bố hoãn lại một năm và tuyên bố sẽ họp ở Vicencia ngày 1.5.1538.

Trở ngại chính ngăn cản công đồng là sự thù địch giữa Charles Quint và Francois I lại tăng lên. Vị Giáo hoàng già hy vọng tổ chức công đồng thành công, vì công tước Vicencia là người của ông, mặt khác ông đã thuyết phục được Charles và Francois I đã ký hiệp định Nice về một cuộc hưu chiến 10 năm. Như bằng chứng của sự thiện ý, một cháu gái của Paul III được gả cho một hoàng thân Pháp, và hoàng đế gả con gái của mình là Marguerite cho Ottavio, con trai của Pier Luigi, người sáng lập triều đại Farnese của Parme. Nhưng Carlos vẫn không đồng ý về địa điểm, mặt khác ông cũng hy vọng một chính sách hòa giải.

Sự tăng thêm quyền lực mà một nước Đức tái thống nhất đã đặt vào tay Charles Quint là không thể chấp nhận được với Francois, đến nỗi ông là người đã bách hại lạc giáo trong chính vương quốc của mình tàn bạo đến độ Giáo hoàng phải kêu gọi ông giảm nhẹ bớt bạo lực. Ông đã trở thành đồng minh trung thành của liên minh Smalcalđica, ông cổ vũ liên mình này bỏ tất cả những đề nghị mở đầu sự hòa giải.

Charles mặc dù ước muốn triệu tập công đồng nhưng ông vẫn giữ vững ý tưởng rằng sự khác biệt tôn giáo ở Đức có thể được giải quyết bởi một hội nghị họp lại hai bên. Những hội nghị này như mọi ý đồ nhằm giải quyết những khác biệt bên ngoài những tiến trình bình thường của giáo hội sẽ mất thời gian và làm nên nhiều điều xấu hơn là điều tốt.

Công đồng Trentô

Charles mong muốn Vua Fernando nước Áo đề nghị với Giáo hoàng địa điểm Trento, một thị trấn nhỏ vùng Tyrol, dân chúng người Ý nhưng thuộc quyền hoàng đế La-Đức. Carlos đồng ý và công đồng được ấn định khai mạc vào ngày 22.5.1542.

Khi hiệp ước Crespi (ngày 18 tháng 9 năm 1544) chấm dứt các cuộc chiến tranh thảm hại giữa Charles Quint và Francois I, Phaolô III đã cương quyết tung ra lại dự định triệu tập công đồng đại kết. Giáo hoàng Phaolô III cử sứ thần đến gặp hai bên, rồi ấn định lại ngày khai mạc công đồng: 15.3.1545. Nhưng khi đặc sứ Tòa thánh đến chủ tọa công đồng thì thấy số nghị phụ đến dự công đồng quá ít nên đã xin hoãn đến cuối năm. Đức Phaolô III cử nhiều khâm sai đi các nơi thuyết phục các giám mục đồng thời yêu cầu các nhà cầm quyền không được làm khó dễ.

Trong thời gian này, bất ngờ xảy ra việc hoàng đế triển khai một chương trình tự mình đặt ra dựa trên nhiều điểm phù hợp với chương trình của Giáo hoàng. Vì người Tin lành bác bỏ một công đồng do Giáo hoàng Rôma chủ tọa nên Charles quyết định dùng vũ lực bắt các hoàng thân phải nghe theo. Phaolô III không chống lại điều đó và hứa giúp ông này ba trăm nghìn đuca và hai mươi nghìn bộ binh; nhưng Giáo hoàng đã khôn ngoan đưa thêm điều kiện là Charles không được ký kết một hiệp định nào riêng rẽ với những người lạc giáo và không được thông qua một thỏa thuận nào có hại cho đức tin và các quyền của tòa thánh.

Charles mong công đồng kéo dài cho đến khi có được một chiến thắng có lợi cho người công giáo. Hơn nữa, đoán trước được cuộc đấu tranh với những người lạc giáo sẽ dai dẳng hơn cuộc đấu tranh với các hoàng thân nên ông đã thúc giục Giáo hoàng tránh lập thành công thức các tín điều đức tin trong thời gian hiện tại và giới hạn các công việc của công đồng vào việc củng cố kỷ luật. Giáo hoàng không thể đồng tán thành những suy nghĩ này.

Cuối cùng công đồng Trentô (Tridentino) (1545-1563) (Công đồng chung thứ XIX) được khai mạc ngày 13.12.1545 tại Trentô, miền bắc nước Ý, gần các quốc gia germaniques là nơi đã lan tràn giáo phái Tin lành. Công đồng này gồm 3 thời kỳ (1545-1547, dưới triều Đức Phaolô III; 1551-1552 dưới triều Đức Giuliô III; 1562-1563, dưới triều Đức Piô IV) và có hai mục đích: định nghĩa đức tin trên những điểm bị những người Tin lành phủ nhận và khởi sự một cuộc canh tân Giáo hội một cách nghiêm túc, cuộc canh tân đã được đòi hỏi từ lâu.

Các nghị phụ đã mạnh mẽ đứng lên đương đầu với những vấn đề quan trọng nhất của đức tin và kỷ luật. Không sợ những lời đe dọa và phản đối của hoàng đế, họ đã thành lập công thức cho một thời kỳ về giáo lý công giáo liên quan đến Kinh thánh, tội nguyên tổ, sự công chính hóa và các Bí tích. Công đồng đã bắt đầu tốt các công việc của mình. Nhưng khi bệnh dịch hạch xảy ra ở Trentô, công đồng đã buộc phải hoãn lại và chuyển đến Bolonia.

Giáo hoàng không phải là người xúi giục hoãn công đồng, ông chỉ chứng duyệt quyết định của các nghị phụ. Mười lăm giám mục tận tâm với hoàng đế đã từ chối rời Trentô khi Charles đòi đưa công đồng trở về lại lãnh thổ Đức.

Tháng 2.1548, công đồng họp ở Bolonia, chỉ có giám mục Ý tham dự. Trong hai phiên họp 9 và 10 các nghị phụ không biểu quyết được một vấn đề gì, số các giám mục đến tham dự cũng giảm dần. Thêm vào đó, tinh thần tôn giáo cũng như chính trị rất căng thẳng (vụ ám sát Pierluigi Farnese 10.9.1547, tạm ước Augsburg 1548) buộc Giáo hoàng Phaolô III phải tuyên bố công đồng tạm ngưng kể từ ngày 13.9.1549. Hai tháng sau ông qua đời ngày 10.11.1549.

Công đồng đã hoàn tất song song hai phần việc này trong 25 khoá họp. Các sắc lệnh của Công đồng được xác nhận ngày 16 tháng 1 năm 1564 bởi Đức Piô IV. Công đồng Trentô đã có một ảnh hưởng quyết định trên đời sống và bộ mặt của Giáo hội Tây phương.